I. Jonynas baigė Vilniaus 23-ją vidurinę bei Vilniaus dailės mokyklas. 1989-1994 m. Lietuvos muzikos akademijoje studijavo televizijos režisūrą, 1995 m. tęsė studijas muzikos akademijoje, kur įgijo dramos teatro režisūros magistro laipsnį. 1991 m. išklausė seminarų ciklą Varšuvoje (vadovas Krzysztof Zanussi). 1993 m. stažavosi Amsterdamo kino mokykloje.
