Pirmąjį eilėraštį išspausdino 1936 m., paskutinį – 1944 m. spalio mėn. Pirmieji eilėraščiai buvo publikuoti ateitininkų žurnaluose „Ateities Spinduliai” ir „Ateitis” (į šios organizacijos veiklą kūrybos pradžioje aktyviai buvo įsijungęs ir pats V. Mačernis). Vėliau rašė vizijas, sonetus, trioletus, giesmes, trumpus aforistinius eilėraščius.
Vienintelis ciklas, kurį jis spėjo pabaigti – „Vizijos“ (1939–1942 m.). Taip pat sukūrė 81 iš 96 planuotų sonetų „Metų“ ciklui, 14 „Songs of myself“ („Dainos apie save“) giesmių. Yra žinomos jo novelės „Aš atnešiau jums saulės patekėjimą“, „Ramybės bankas“, „Tuštybė“.
Parašė filosofinės poemos „Žmogaus apnuoginta širdis“ pradžią, nemažai vertė iš užsienio kalbų.
Pirmosios knygos išleistos pokario metais Vakarų Europoje ir JAV („Vizijos” 1947 m. išleistos Romoje, Vytautui Sauliui parengus spaudai, „Poezija” - Čikagoje, 1961 m.; redagavo Kazys Bradūnas). Tuo tarpu sovietinėje Lietuvoje V. Mačernio poezija ignoruota, kol galop 1970 m. išleista poezijos rinktinė „Žmogaus apnuoginta širdis”. 1990 m. Vytauto Kubiliaus paruoštas išsamus Mačernio kūrybos rinkinys „Po ūkanotu nežinios dangum”, 2015 m. - dar išsamesnis kūrybos rinkinys „Man patiko tik vandenys gilūs“, į kurį įėjo ir du anksčiau neskelbti eilėraščiai.
