1984 baigė Lietuvos konservatoriją (Alvydo Vainiaus mušamųjų klasę). Nuo 1986 grojo S. Sasnausko džiazo ansamblyje, 1989 prisijungė prie J. Milašiaus ansamblio Gitaromanija. Grojo ir su kitais muzikantais: V. Čekasinu, P. Vyšniausku, T. Kutavičiumi, E. B. Kanevičiumi, t. p. su roko, džiazo, populiariosios muzikos grupėmis.
Periodiškai atvykdamas į Lietuvą iš JAV čia muzikuoja su J. Milašiumi, L. Mockūnu, Dovydu Stalmoku, Dominyku Vyšniausku, Mindaugu Vadokliu. Su jaunaisiais muzikantais subūrė Naujo Atomic Orchestra (su juo gastroliavo Austrijoje, Kroatijoje), Vilniuje, Kaune koncertavo su Niujorko muzikantais. 2020 inicijavo J. Mekui atminti skirtą festivalį.
D. Naujokaitis reiškiasi teatre ir kine (kuria muziką filmams, bendradarbiauja su režisieriumi Juliumi Žižliausku), kuria performansus, filmus (Lietuvoje ir Niujorke).
