J. Jakavonis nuo devyniolikos metų dalyvavo ginkluotame pasipriešinime. Jis su kitais partizanais tėvų namų kieme 1945 m. įrengė bunkerį, kuris 1945–1946 m. buvo Pietų Lietuvos partizanų vadų vadavietė. Bunkeryje gyveno ir dirbo vadai Juozas Vitkus-Kazimieraitis ir Adolfas Ramanauskas-Vanagas, buvo leidžiamas partizanų laikraštis „Laisvės varpas“. J. Jakavonis dar buvo pogrindinės spaudos platintojas. Po dvejų metų aktyvios partizaninės kovos, 1946 m. gruodžio 8 d. gimtajame kaime, pas kaimyną, buvo enkavedistų suimtas su partizanų spauda. Po to buvo tardomas ir kankinamas Merkinės milicijos rūsiuose, Varėnoje, o galiausiai ir Vilniaus KGB rūsiuose. Ištvėręs baisius kankinimus, J. Jakavonis neišdavė nė vieno bendražygio. Bolševikinės valdžios buvo nuteistas – nuo 1946 m. buvo išsiųstas kalėti į Kolymos [Sibiro] kalėjimus. Iš tremties su šeima į Lietuvą grįžo 1959 m.
1988 m., prasidėjus Atgimimui, J. Jakavonis įsitraukė į Sąjūdžio veiklą. Šalia jo namų buvo atkastas ir įrengtas bunkeris, buvusi Pietų Lietuvos partizanų vadavietė.