Frank Gratkowski gimė 1963 m. Hamburge, studijavo Kelno muzikos ir šokio universitete. Jis išplėtė savo instrumentinius įgūdžius ir groja beveik visais mediniais pučiamaisiais instrumentais, įskaitant fleitas. Jis intensyviai dirba su savo instrumentų tonaliniais praplėtimais ir modifikacijomis soliniuose projektuose ir nedideliuose kolektyvuose, naudodamas netradicines grojimo technikas ir mikrotonines koncepcijas, kai kurias iš jų sukūrė pats. Kaip grupės lyderis ir kompozitorius jis keliauja po platų šiuolaikinės improvizacinės muzikos kontekstą. Jo kūryboje nėra aiškios ribos tarp kompozicijos ir improvizacijos.
Būdamas studentas, Gratkowskis dirbo su trombonininku ir kompozitoriumi Klausu Königu, Georgo Graewe's GrubenKlangOrchester ir WDR bigbende. 1995 m. kartu su Dieteriu Manderscheidu (Dieter Manderscheid), grojančiu bosine gitara, ir Gerry Hemingway (Gerry Hemingway), grojančiu būgnais, jis subūrė Frank Gratkowski Trio. 2000 m. prie jų prisijungė olandų trombonininkas Wolteris Wierbosas. Nuo 2001 m. jis groja trio su Achimu Kaufmannu (fortepijonas) ir Wilbertu de Joode'u (bosas). Su pirmąja soline programa jis tapo konkurso "Musik kreativ" laureatu. Kaip solistas jis yra išleidęs iki šiol trijų dalių kompaktinių plokštelių seriją "Artikulationen" (1991, 2000, 2023). 2008 m. susibūrė eksperimentinis saksofonų kvartetas "Fo[u]r Alto". Jis yra vienas iš orkestro "Multiple Joy[ce] Orchestra", kuriam taip pat kuria kompozicijas, įkūrėjų. Pastaraisiais metais jis vis dažniau bendradarbiauja su jaunosios kartos muzikantais, šiuo metu, pavyzdžiui, kvartete "The Resonators".
Gratkowskis grojo kaip solistas, grupės lyderis ar sidemanas svarbiausiuose Vokietijos ir daugelyje tarptautinių festivalių. Be kita ko, jis su trio koncertavo Donaueschingerio festivalyje, 2014 m. gavo užsakymą sukurti kompoziciją ansambliui "Zeitkratzer", 2021 m. buvo Austrijos naujosios muzikos festivalio "Klangspuren" rezidencijos improvizatorius, dirbo kaip solistas su "Westdeutscher Rundfunk" (WDR) orkestru. Muzikos festivalyje "November Music" Den Bosche ir šiuolaikinės muzikos festivalyje Hudersfilde jis koncertavo su ansambliu "Apartment House", kuriam parašė užsakytą kompoziciją. Po kūrinio "Mature Hybird Talking" ansambliui "Ensemble Modern" ir su juo 2022 m. jis dirbo su ansambliu "Ensemble Musikfabrik" 2023 m.
Savo vardu Frankas Gratkovskis išleido apie 50 kompaktinių plokštelių, kaip sidemanas dalyvavo dar nežinomame skaičiuje kūrinių. 2005 m. jam buvo įteiktas prestižinis SWR džiazo apdovanojimas.
Frank Gratkowski gyvena Berlyne. Jis dėstė Arnhemo, Hanoverio, Berlyno ir šiuo metu Kelno konservatorijose, turi didelę tarptautinę patirtį kaip universiteto dėstytojas ir seminarų vedėjas.