Kompoziciją studijavo M. K. Čiurlionio menų mokykloje pas Bronių Kutavičių ir Lietuvos muzikos ir teatro akademijoje, prof. Vytauto Barkausko klasėje (1990–1995). 1996 m. tobulinosi jaunųjų kompozitorių kursuose Radziejovicuose (Lenkija), 1997 m. – Apeldorne (Olandija). Giedriaus Puskunigio kūriniai yra skambėję „Gaidos“, „Jaunos muzikos“, „Muzikinio veiksmo“ festivaliuose. Giedrius Puskunigis yra sukūręs įvairių žanrų kūrinių, tačiau geriausiai jis žinomas kaip muzikos teatrui ir kinui autorius.