1996 m. savo veiklą lėlininkai pradėjo dailininkės Loretos Skruibienės kūrybinėse dirbtuvėse, pasivadindami “Aitvaru”. Trupę sudarė Gintaras Gvazdaitis, Jūratė Kundrotienė, Ineta Vichrovaitė, Nauris Valuckas, Edgaras Kitavičius.

Per savo gyvavimo laikotarpį teatras „Aitvaras“ sukūrė 48 spektaklius ir daug įvairių edukacinių programų, dalyvavo daugelyje festivalių Lietuvoje ir užsienyje, vykdė gastroles užsienio lietuvių bendruomenių vaikams.

Teatras eksperimentuoja, ieškojo naujų raiškos būdų, naujų lėlių teatro meninės kalbos būdų ir komunikacijos su žiūrovais priemonių.

2005 m. Lietuvos kultūros ministerija Alytaus lėlių teatrui “Aitvaras” suteikė profesionalaus teatro statusą.