Juozo Pakalnio gyvenimas truko tik 35 metus, tačiau lietuvių muzikos istorija išlaikė jo pavardę kaip dirigento, atlikėjo, pedagogo ir svarbiausia - kompozitoriaus, baleto "Sužadėtinė" autoriaus. Juozo Pakalnio muzikinis palikimas apima keliolika solinių ir chorinių dainų, kamerines ir simfonines kompozicijas, nebaigtą operą ir stambiausią kūrinį - baletą. Jo muzikinė kalba artima vėlyvajam romantizmui, o kompozicijoms būdinga spalvinga instrumentuotė, melodingumas, lyrinės melodijos dažnai primena lietuviško folkloro intonacijas, o gyvybingumo muzikai suteikia išraiškingas ritmas.
Juozas Pakalnis greitai iškovojo autoritą Lietuvoje kaip talentingas muzikas. Nors didelę laiko dalį užėmė darbas orkestre, konservatorijoje ir koncertuose, Juozas Pakalnis intensyviai kūrė iki pat mirties. Jo interpretacinė ir pedagoginė veikla padėjo muzikui bręsti ir tobulėti, o studijos Leipcigo konservatorijoje galutinai subrandino jį kaip kompozitorių.
Juozas Pakalnis gimė 1912 m. rugpjūčio 4 d. Veselkiškių kaime, Pakruojo rajone. Po mokymosi Klaipėdos muzikos mokykloje fleitos klasėje pas čekų pedagogus Albertą Bursiką ir Franzą Beningą, jis baigė Stasio Šimkaus muzikos mokyklą Klaipėdoje ir išvyko į Kauną. Nuo 1931 m. jis dėstė fleitos specialybę Kauno muzikos mokykloje, o nuo 1933 m. - Kauno konservatorijoje, kurį laiką dirbo ir kaip koncertuojantis atlikėjas. Kompozicijas jam mokė profesorius Juozas Gruodis. Juozas Pakalnis debiutavo kaip dirigentas Kauno radiofone 1935 m., o 1936 m. tapo Valstybės teatro simfoninio orkestro dirigentu. Ėmęsis kūrybos, pajuto teorinių žinių stygių, todėl 1938 m. įstojo į Leipcigo konservatoriją, bet po metų dėl politinės situacijos Vokietijoje grįžo į Lietuvą.
Nuo 1940 m. Juozas Pakalnis dirbo Valstybės teatre baleto dirigentu. Tuo pačiu buvo ir 1941 m. įsteigto Kauno Muzikinės komedijos teatro dirigentas. 1945 m. Kauno valstybinė konservatorija pakvietė J. Pakalnį vadovauti studentų simfoniniam orkestrui, o 1947 m. jam suteiktas docento vardas. Tačiau 1948 m. sausio 28 d. jis neaiškiomis aplinkybėmis mirė Vilniuje.
Juozo Pakalnio palaikai palaidoti Kaune, Šančių kapinėse, tačiau 1970 m. buvo perkelti į Petrašiūnų panteoną, kur 1973 m. pastatytas antkapinis paminklas (architektė M. Lagunavičienė). Jo tėviškėje įkurtas memorialinis muziejus, o jo vardu pavadinta muzikos mokykla. Nuo 1992 m. rengiamas respublikinis Juozo Pakalnio vardo jaunųjų atlikėjų konkursas. Vaclovas Juodpusis parašė knygą „Juozas Pakalnis“ (Vilnius, 1972). 1969 m. Žaliakalnyje (Žemaičių g. 88) prikabinta atminimo lenta, o 2001 m. gegužės 31 d. atidengta nauja memorialinė lenta su bareljefu (skulptorius Stasys Žirgulis).