Markusas Huberis gimė Miunchene, Vokietijoje. Profesinę karjerą pradėjo kaip berniukas sopranas solistas Tölzer Knabenchor orkestre (1975-1982 m.). Hghlights of this early career development time was performances with Herbert von Karajan, James Levine, Wolfgang Sawallisch, Nicolaus Harnoncourt and Dennis Russel Davies.
Jis studijavo Miuncheno ir Vienos aukštosiose muzikos mokyklose pas Leopold Hager (dirigavimas), Karl-Hermann Mrongovius (fortepijonas) ir kt. Studijų metu jis buvo Augusto Everdingo režisūros klasės repetitorius ir mokė kitus studentus fortepijoninio akompanimento solistams meno.
Savo dirigento karjerą pradėjo 1996 m. kaip repetitorius ir dirigentas "Landestheater Detmold" teatre. Po metų jis buvo paskirtas eiti tas pačias pareigas ir vadovauti Chemnico operos teatro (Opernhaus Chemnitz) antrajam chorui. 1999 m. jis buvo paskirtas Chemnico instrumentinio orkestro "Collegium Instrumentale Chemnitz" vyriausiuoju dirigentu. 2002-2007 m. buvo Bulgarijos kamerinio orkestro pagrindinis kviestinis dirigentas, o 2003 m. tapo Leipcigo "Westsächsisches Sinfonieorchester" vyriausiuoju dirigentu. Nuo 2008 m. buvo Pforcheimo operos muzikos direktorius.
Markusas Huberis pagal kvietimus dirigavo daugeliui garsių orkestrų, tarp jų Miuncheno simfoniniam orkestrui (Münchner Symphoniker), Hamburgo simfoniniam orkestrui (Hamburger Symphoniker), Reino krašto-Pfalco valstybinei filharmonijai (Staatsphilharmonie Rheinland-Pfalz), Konstancos pietvakarių filharmonijai (Südwestdeutsche Philharmonie Konstanz), Šiaurės vakarų filharmonijai (Nordwestdeutsche Philharmonie), Südwestfaleno filharmonijai (Neue Philharmonie Westfalen), ORF simfoniniam orkestrui (das ORF- Symphonieorchester), Sarbriukeno radijo filharmonijai (Radiophilharmonie Saarbrücken), Johann-Strauß Ensemble Linz, daugybė JAV orkestrų, tokių kaip Filadelfijos orkestras, San Francisko simfoninis orkestras, Detroito simfoninis orkestras, Cincinačio simfoninis orkestras, Luizianos filharmonijos orkestras, Jutos simfoninis orkestras, taip pat Turku filharmonijos orkestras, Tokijo, Singapūro ir Kvala Lumpūro orkestrai.
Nuo 2019/20 m. sezono jis yra naujasis Tiuringijos filharmonijos Gotha-Eisenache vyriausiasis dirigentas. Kviestiniai įsipareigojimai jį, be kita ko, veda į Nordwestdeutsche Philharmonie ir Jenos filharmoniją.
Markusas Huberis didelę savo laiko dalį skiria Richardo Wagnerio kūrybai. 2013 m. jis debiutavo su "Tristanu ir Izolda" Naujajame Orleane, 2014 m. su Reino krašto-Pfalco valstybine filharmonija (Staatsphilharmonie Rheinland-Pfalz) atliko "Žiedo ciklo" ištraukas, o 2015 m. su "Lohengrinu" - Pforcheime. 2013 m. taip pat išleista kompaktinė plokštelė su Badische Philharmonie, kurioje skamba Mozarto ir Regerio kūriniai. Ši kompaktinė plokštelė sulaukė labai teigiamų atsiliepimų profesiniuose sluoksniuose.
