Fokinas gimė Sankt Peterburge pasiturinčio pirklio šeimoje ir būdamas 9 metų buvo priimtas į Sankt Peterburgo imperatoriškąją baleto mokyklą. Tais pačiais metais jis debiutavo spektaklyje "Talismanas", kuriam vadovavo Marius Petipa. 1898 m., sulaukęs 18-ojo gimtadienio, debiutavo Imperatoriškojo Marijos teatro scenoje su Imperatoriškojo rusų baleto trupe spektaklyje "Paquita". Fokinas buvo ne tik talentingas šokėjas, bet ir aistringai domėjosi tapyba ir parodė talentą šioje srityje. Jis taip pat grojo muzikos instrumentais: mandolina (scenoje grojo Ginislao Pariso vadovaujamame ansamblyje), domra ir balalaika (grojo Vasilijaus Andrejevo Didžiajame rusų orkestre).
Pasikeitimas į choreografą
Jis nusivylė šokėjo gyvenimu ir pradėjo svarstyti kitus kelius, tarp jų ir tapybą. 1902 m. jam buvo pasiūlytos dėstytojo pareigos Imperatoriškoje baleto mokykloje ir jis galėjo tyrinėti choreografijos menines galimybes. 1905 m. jis sukūrė savo pirmąjį pilnametražį baletą "Acis ir Galatė", kurį pagal Sicilijos legendą pastatė jo mokiniai. Tarp jo mokinių buvo Deša Delteilas ir Bronislava Nijinska.
Kai kurie ankstyvieji Fokino darbai - baletas "Acis ir Galatėja" (1905) ir "Mirštanti gulbė" (1907) - solo šokis Anai Pavlovai, sukurtas pagal "Le Cygne" muziką. Balete "Acis ir Galetėja" buvo akrobatinis šokis su faunus vaidinančiais berniukais, kurių vienas buvo Vaslavas Nižinskis. Vėliau Fokinas vaidino Nižinskį baletuose, tarp jų ir "Šopenianoje" (1907), kuri 1909 m. buvo pervadinta į "Les Sylphides". Jis nemanė, kad virtuoziškos baleto technikos ką nors simbolizuoja, ir manė, kad jas galima pakeisti formomis, geriau išreiškiančiomis emocijas ir temas. Fokinas tvirtai tikėjo šokio komunikacine galia ir skatino tradicijas laužančią kūrybą, manydamas, kad tradicijos dažnai skiriasi nuo tikrovės ir neperteikia viso žmogaus emocijų spektro. Jis tikėjo, kad jei judesiai nėra išraiškingi, jie yra iracionalūs ir nei žavūs, nei toleruotini.
Fokinas taip pat siekė iš baletų atimti dirbtinį techniškumą ir pasenusius kostiumus. Jis manė, kad daugelyje to meto baletų buvo naudojami kostiumai ir technika, kurie neatspindėjo baletų temų. Fokinas studijavo graikų ir egiptiečių meną, įskaitant vazų tapybą ir skulptūrą, ir įtraukė juos į savo baletus. Būdamas choreografas, jis išėmė balerinas iš puantų batelių, kai puantai neatitiko jokio "meninio tikslo". Jis manė, kad puantus reikia naudoti tada, kai šokantis kūnas nori išreikšti pakilimo ir pakilimo temą, o ne demonstruoti šokėjų pėdų jėgą. Šią naują idėją jis pristatė Imperatoriškojo Marijos teatro vadovybei, tačiau nesulaukė jos palaikymo. Vienas iš Fokino pageidavimų buvo, kad 1907 m. balete "Eunikė" jo šokėjai šoktų basomis. Jo prašymas buvo atmestas, ir Fokinas liepė ant šokėjų pėdkelnių nupiešti kojų pirštus, kad jie atrodytų basi.
Jis taip pat eksperimentavo perkeldamas judesių akcentą nuo apatinės kūno dalies į visą kūną, laisviau naudodamas rankas ir liemenį, kiekvieną raumenį naudodamas su aiškia intencija. Taip Fokinas siekė suvienyti judesį su emocijomis, kūną su siela, suteikdamas baletui, kaip kalbai ir menui, naujos gyvybės.
1923 m. jis pastatė baletą "Adžantos freskos" Anai Pavlovai, kurią įkvėpė apsilankymas Adžantos urvuose.