Mindaugas Skudutis 1964–1968 m. mokėsi Kauno Juozo Naujalio vidurinėje dailės mokykloje. 1976 m. baigė Vilniaus dailės akademiją (buvęs LTSR valstybinis dailės institutas), 1977–1987 m. dirbo Čiurlionio menų mokyklos mokytoju, 1989–2011 m. Vilniaus dailės akademijos dėstytoju; profesoriumi (2007). Dvidešimto amžiaus 8–9 dešimtmečiuose su menininkais Broniumi Gražiu, Henriku Natalevičiumi, Raimundu Sližiu, Romanu Vilkausku sudarė vieną pirmųjų neoficialių dailininkų grupių „Penketas“. Nuo 1989 m. – Lietuvos dailininkų sąjungos narys .
Kuria figūrines kompozicijas, autoportretus, natiurmortus, piešinius, koliažus ir asambliažus. Dailininkas tapo religine tema. Reikšmingesni menininko tapybos darbai: „Raudoni marškiniai“ (1974), „Pasivaikščiojimas vakare po senamiestį“ (1978), „Mergaitės“ (1979), „Juodas kvadratas juodame fone“ (1979), „Metabolistinis paveikslas“ (1980), „Autoportretas / 33 metai“ (1981), „Magdeburgo katedros chimeros“ (1982), „Karalius ir karalienė“ (1982), „Vakaras (Autoportretas)“ (1984), „Dvylika senojo Vilniaus vaizdų“ (1985), „Vėjuota diena prie jūros“ (1986), „Laidotuvės“ (1986), „Kaimiškas interjeras“ (1986), „Lizdas“ (1989), „Autoportretas“ (1996), „Kristaus kelio stotys“ (2002–2003). 1979 m. ir 1982 m. dalyvavo I ir II Baltijos šalių jaunųjų dailininkų trienalėse, 2007 m. – XIII Pabaltijo tapybos trienalėje.
Iliustravo šias knygas Ethelės Lilianos Voynich „Gylys“ (1982), Jono Avyžiaus „Kaimas kryžkelėje“ (1988), „Degimai“ (1988).
Kartu su menotyrininku Vidu Poškumi išleido knygą „Videniškiai. Kunigaikščių Giedraičių žemės beieškant“ (Vilnius, [Molėtai], 2022).
2023 m. pavasarį, minint 700-ąsias Vilniaus metines, Vilniaus vaikų ir jaunimo meno galerijoje veikė personalinė paroda „Kintantys Vilniaus veidai“ . Menininkas dalyvauja parodose užsienyje.
M. Skudučio kūrinių turi Lietuvos nacionalinis dailės muziejus, Vilniaus dailės akademijos muziejus, MO muziejus Vilniuje, Jokūbavo Šv. Marijos Magdalenos bažnyčia (Kretingos r.), Tartu katalikų bažnyčia (Estija), Vilniaus universiteto biblioteka, privatūs Lietuvos ir užsienio kolekcininkai. Paskelbė šiuos poleminius straipsnius respublikinėje spaudoje: „Apie meną ir mokslą dar kartą“ („Kultūros barai“, 2007), „Vasaros pleneras“ („Šiaurės Atėnai“, 2008), „Kas yra menas“ („Kultūros barai“, 2009), „Neišmokę istorijos pamokų“ („Kultūros barai“, 2009).
Skudučio kūryba įvertinta apdovanojimais: Pabaltijo dailininkų parodos medaliu (1979), Lietuvos dailininkų sąjungos premija ir auksiniu ženkliuku (2005), Lietuvos Respublikos Vyriausybės kultūros ir meno premija (2009).
Dailininkui 2010 m. skirta Vilniaus miesto mero premija už Vilniaus įamžinimą meno kūriniuose .
Dailininkas gyvena Vilniuje. Viena pagrindinių M. Skudučio tapybos temų – Vilnius bei jo kasdienis gyvenimas. Autorius paveikslais pasakoja ne tik jam brangaus miesto istorijas, bet per jas ir savo paties gyvenimą. Vilniaus senamiestis, ypač Užupio rajonas, vis dar žavi menininką savo architektūra ir personažais, stebėtojo žvilgsniu menininkas mėgaujasi paskutiniais pažįstamais nykstančio miesto vaizdais, prieš akis greitai kintančiomis istorijomis, rakursu, detalėmis, unikalia kiemelių architektūra. M. Skudutį galima vadinti Vilniaus metraštininku, fiksuojančiu vis labiau nykstančius jo bruožus, besikeičiantį veidą, charakterį ir gyventojus, mažas ir dideles absurdiškas situacijas, kasdienius, atrodo, nereikšmingus, bet išskirtinę Vilniaus senamiesčio nuotaiką kuriančius įvykius. Dailininkas sakė: „Dabar tapau beveik išimtinai Vilniaus peizažus, tapau, kol randu apleistų, neperdažytų kampelių, kadangi tokių vietų vis mažėja. Atrodo, greitai neturėsiu savo paveikslams motyvų“